谢邀，这个问题很有趣，我也思考过的。据我想，可能有几种原因：
1正统一点的观点解释：扫地僧没有理由禁止他们偷看，只能用其他方式“劝告”。
七十二绝技的典籍一向在此阁中，【向来不禁门人弟子翻阅】，明王可知其理安在？
慕容复震骇莫名，抬头往暗器来处瞧去，只见山坡上站着一个【灰衣僧人】，脸蒙灰布。
只见这人【光头黑衣，也是个僧人】，黑布蒙面，只露出一双冷电般的眼睛。
玄生、玄灭、玄垢、玄净均想：“这位老僧服色打扮，乃是本寺操【执杂役的服事僧】，怎能有如此见识修为？”服事僧虽是少林寺僧人，但【只剃度而不拜师、不传武功、不修禅定、不列“玄、慧、虚、空”的辈份排行，除了诵经拜佛之外，只作些烧火、种田、洒扫、土木粗活。】
玄寂续道：“这位波罗星师兄便在藏经楼翻阅经卷。本寺玄惭师兄奉方丈师兄之命，督率僧众帮同钞经，不敢稍有怠懈。岂知四个月之后，【玄惭师兄竟然发觉】，这位波罗星师兄每晚深夜，悄悄潜入藏经楼秘阁，偷阅本寺所藏的武功秘笈。”……哪知道过得几个月，波罗星师兄假装生病，却偷偷【挖掘地道，又去秘阁偷阅】。【待得玄惭师兄发觉，已是在数年之后】
老僧屈指计算，过了好一会儿，摇了摇头，脸上现出歉然之色，道：“我……我记不清楚了，不知是四十二年，还是四十三年。这位萧老居士最初晚上来看经之时，我……我已来了十多年。后来……后来慕容老居士来了，【前几年，那天竺僧波罗星也来盗经】。
老僧又道：“居士第二次来借阅的，是一本《般若掌法》。当时老僧暗暗叹息，知道居士由此入魔，愈陷愈深，心中不忍，在居士惯常取书之处，【放了一部《法华经》，一部《杂阿含经》，只盼居士能借了去，研读参悟】。
——七十二绝技的秘籍对于少林派弟子来说是随便看的，没有禁令。而慕容博和萧远山呢，一个灰衣一个黑衣，都是僧人的模样。当然，三十多年前他们是否也把自己弄成光头的僧人模样不好说。如果是的话，那么扫地僧未必知道他们不是少林弟子。假如当初他们就是把自己打扮成僧人模样进的藏经阁，那外人就不好拦阻了。再者，虽然萧远山慕容博不是少林弟子，但扫地僧却也没有资格管啊，因为他从职位上来说只是服事僧，比干杂活的火工道人强不了多少。说白了就是不在其位不谋其政，他不过是个扫地的而已，连藏经阁管理员都不算。后文中可以看出，玄字辈的玄惭发现有人偷入藏经阁偷学武艺就有责任举报并处理了，这是因为他有这个身份。一个扫地的杂工干粗活儿的，管得着吗？你想，波罗星偷挖地道进藏经阁偷学，扫地僧不是也知道吗？可就是任由波罗星偷学了“数年”，扫地僧也没管也没举报啊，还得等玄惭发现处理。因此，我们有理由相信，扫地僧不管看到谁偷学，都是没资格管的。除非有职位的少林僧人发现，否则他就是这么个事不关己的态度。当然，也不能说完全不管，至少他可以用放上几本佛经的方式来劝告。只不过这种方式近乎于迂腐碰运气。萧远山慕容博谁都没在意罢了。
2另类一点的观点解释：扫地僧当时打不过萧远山慕容博。
慕容复道：“不错，我问你躲在这里，有多久了？”那老僧屈指计算，过了好一会儿，摇了摇头，脸上现出歉然之色，道：“我……我记不清楚了，【不知是四十二年，还是四十三年】。这位萧老居士最初晚上来看经之时，【我……我已来了十多年】。后来……后来慕容老居士来了，前几年，那天竺僧波罗星也来盗经。唉，你来我去，将阁中的经书翻得乱七八糟，也不知为了甚么。”
那老僧道：“居士【全副精神贯注在武学典籍之上，心无旁鹜，自然瞧不见老僧】。
——扫地僧什么时候练成如此高明的武功，无人得知。但他自己说自己到藏经阁一共四十二年左右。两种可能：一是他到藏经阁之前就是一个武功高手（比如有人怀疑他是逍遥派的某人），二是他到藏经阁之后才通过自学成为高手。两种可能性都是有的。但不管是哪一种，都有可能他发现萧远山到藏经阁的时候自己的武功还打不过萧远山吧？毕竟萧远山出场时就能秒杀一众中原武林人士了。扫地僧就算是先有武功后入藏经阁也可能武功不及萧远山。要是按第二种可能，扫地僧以前连武功都不会呢？没准是到了藏经阁扫地之后才自学了高明的武功呢？那么，他到藏经阁之后十多年，萧远山就来了。刚练了十多年，也可能不是萧远山的对手吧——因为没人能保证扫地僧的武功不是经过累积后在最近才有一个飞跃——这样想的话，那么扫地僧不阻拦萧远山慕容博就可以理解了，打不过就别管，否则就是找死。就算后来实力大增能打过了，反正他们也看了三十年了，无所谓了。
有人说，萧远山慕容博偷入藏经阁扫地僧能发现，而他们没有发现扫地僧，这不是说明扫地僧比他们武功高吗？这却未必的。扫地僧的服饰和形态毕竟不引人注意，且在暗处，偷看到萧远山慕容博的行踪未必就说明他武功更高。何况他自己也说，萧远山慕容博他们心思都在秘籍上，也就更不容易发现别人了。
另外，扫地僧如何发现他们偷了什么书？一定需要看到他们偷的动作吗？也未必。书架子上的书怎么排列的，常看的人就能知道。扫地僧如果记住了排列顺序，那么很容易知道少了哪一本。事后照样说得出来。
还别说扫地僧当年武功不如萧远山慕容博了，就算是跟他们一样高，打就未必能赢，但监制躲藏就不容易被发现，仍有可能。反正只要不能保证出手制服他们，就只能作罢。
3从佛教的观点解释：因缘不到，管不了。
萧远山慕容博刚偷学一本书的时候，扫地僧就发现了，但他管不了，因为因缘不到。为什么呢？因为刚学还没有危害啊！一般的少林派高手，练个几门七十二绝技的也大有人在。事实上，光练一门是不至于有什么危害的。之所以萧远山慕容博后来弄出了难以治愈的内伤，主要是强练少林绝技，也是练太多了。刚练就制止，对方也不信服，难免会质疑“你凭什么不让我练？凭什么说练多了有害？”显然，这就是所谓的因缘了。当他们真的练出内伤了，这时候再告诉他们有害，对方才能信服。说白了，这就类似于传说中扁鹊说他的大哥二哥一样，扁鹊的大哥医术最高，在病人病情未发作之前就能发现就能治好，二哥则是在病人病情之初就能发现就能治好，扁鹊却只能在病人病情严重时才能发现并治好。可是，他大哥二哥的医术反而不为人所知了。于此道理相似，扫地僧只能等萧远山慕容博内伤难愈时说话他们才能信服。
4从宗教的观点解释：与其让他们离开少林（佛教），还不如争取留在少林（佛教）。
佛教有个传统：收服外教高人为己所用。比如在佛经故事里，有妖魔爱吃小孩，于是释迦牟尼把她的小孩藏起来，告诉她将心比心谁的孩子谁不疼啊，于是这个妖魔反倒成了佛家里的护法神专门保护小孩子（鬼子母）。甚至于在西游记的故事里，如来让观音去找取经人的时候，也嘱咐观音：“假若路上撞见神通广大的妖魔。你须是劝他学好，跟那取经人做个徒弟。他若不伏使唤，可将此箍儿与他带在头上，自然见肉生根。”于是，孙悟空猪八戒沙和尚三兄弟原本是道教的，后来也归了佛家；黑熊精红孩儿本来是妖精，也归了佛家。佛家这个传统不光神话中有，实际上也是有的。要不怎么一个关羽佛道二教都抢到自己那里当护法神呢。在金庸小说里，少林寺也有这个传统。比如倚天时代的谢逊，收进少林派里，岂不是好事？别的不说，就说“狮子吼”的功夫吧，天龙时代天龙寺的枯荣和尚会，但没提过少林有人会。倚天时代的谢逊也会后皈依佛门进了少林，然后呢？然后笑傲时代的方证就会这功夫了。这不能不让人怀疑是少林把谢逊的武功留为己用啦。所以，萧远山慕容博这等高手，如果能够留在少林出家皈依佛家，对少林的武学进步是会有极大好处的。且不说他们自身的武功如何，最起码，他们对于研究如何多练七十二绝技如何破解七十二绝技都很有心得。甚至连他们因为练七十二绝技而出内伤后如何解决也有研究意义。这样的有用之才怎么能放过？要是早点提醒他们他们就离开了，还不如等他们内伤难愈时再加以解救，顺便就能留下两个人才。
5从黑暗的角度解释：这是两个很好的试验品。
作为一个少林武学爱好者，也许有些想法是不好说的。往黑一点想，多练七十二绝技有什么害处？会如何表现？这个不容易知道，如今有两个小白鼠试验品，岂不是好事？这样的人体试验，想找合格的试验品很难的，一般人也没有资质练这么多绝技。萧远山慕容博他们送上门来，机会难得啊。
那老僧又道：“本寺之中，自然也有人佛法修为不足，却要强自多学上乘武功的，但练将下去，不是走火入魔，便是内伤难愈。【本寺玄澄大师以一身超凡绝俗的武学修为，先辈高僧均许为本寺二百年来武功第一。但他在一夜之间，突然筋脉俱断，成为废人】，那便是为此了。”
故老相传，上代高僧之中曾有人兼通【一十三门绝技】，号称“【十三绝神僧】”，少林寺建寺【数百年，只此一人】而已。少林诸高僧固所深知，神山、道清等也皆洞晓。要说一身兼擅七十二绝技，自是欺人之谈。
只听那老僧又道：“居士之心，比之萧居士尤为贪多务得。萧居士所修习的，只是如何克制少林派现有武功，慕容居士却将本寺七十二绝技一一囊括以去，尽数录了副本，这才重履藏经阁，归还原书。【想来这些年之中，居士尽心竭力，意图融会贯通这七十二绝技】，说不定已传授于令郎了。”
——按天龙里的说法，少林建寺这么多年，只有一个人练成13门绝技，已经了不得了。玄澄再强，也不可能练到13门绝技。然而，慕容博却试图融会贯通72门绝技！显然，能做到多练几门绝技是很困难的，基本上千百年难遇一个。如今萧远山慕容博竟如此强悍，练了许多绝技，虽然出了内伤吧，也是罕见的现象了。通过对他们的研究，不但能知道他们怎么能够练成这么多绝技，更能知道练多了会如何伤害自身。这对以后的少林派弟子是很有意义的，以后的人也许能因此而更快更好地多练绝技并避免内伤问题，或者说有了内伤也知道该如何治疗了。甚至如果慕容博最终能做到融会贯通所有绝技，岂不是少林武学史的一个里程碑？扫地僧遇到这样的试验品，可不能放过。干脆就让他们练去，倒要看看后果如何。类似的心态，胡青牛就有过：
他本已决心不替张无忌治伤，然而碰上了这等毕生难逢的怪症，有如酒徒见佳酿、老饕闻肉香，怎肯舍却？
——于是，放任二人去偷学吧，我只在旁边观察，做个试验记录留下宝贵的资料就好……
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